VacA indueix alteracions de les unions estretes entre cèl·lules i la formació de grans vaquoles. Les vaquoles es poden veure en cèl·lules en cultiu i en les cèl·lules epitelials gàstriques de biòpsies humanes i de ratolins (però no en alguna espècie concreta de roedor)

La proteïna HP-NAP atravessa la capa epitelial i segresta neutròfils i monòcits, que s'extravassen i causen dany tissular alliberant ROIs (Intermediaris Reactius de l'Oxigen) .

Les proteïnes CagA injectades causen alteració del citoesquelet, formació de prolongacions i senyalització al nucli per l'alliberament de limfoquines proinflamatòries, que amplifiquen la reacció inflamatòria amb el segrestament de limfòcits i induir encara més l'alliberament de ROIs.

L'activitat tòxica combinada de VacA i dels ROIs porta a dany tissular que es potencia per la pèrdua de la capa protectora de mucus i la consegüent permeabilització a l'àcid.